Владимир Холодковский — сын коллежского регистратора из города Каменск-Уральский Шадринского уезда Пермской губернии. В 1912 году 17-летний Владимир Холодковский окончил Екатеринбургскую пcаломщическую школу и был направлен псаломщиком в храм Вознесения Господня села Завьяловского Камышловского уезда (ныне Свердловская область, Талицкий район), где служил до 1918 года.

В 1916 году женился, в семье родилось шестеро детей.

В 1918 году был рукоположен в сан диакона к церкви Ильи Пророка села Тимохинское Камышловского уезда Пермской губернии. У отца Владимира был собственный дом в деревне Фролы, недалеко от Тимохинского. В годы гражданской войны район, в котором он служил, переходил несколько раз от красных к белым и обратно. Местное население разделилось на сторонников красных и сторонников белых. С обеих сторон было ужасающее ожесточение. Причт храма, к которому относился отец Владимир, пытался остановить междоусобицу во вверенном приходе, но безуспешно.

Летом 1919 года отец Владимир эвакуировался с отступавшей армией адмирала Колчака и добрался до Новониколаевска (Новосибирска), где около года служил в Покровской церкви.

17 марта 1920 года он вернулся на место своего служения в село Тимохинское.

В декабре 1920 года был рукоположен в сан иерея и определен к Николаевской церкви села Тупицынское Четкаринского района Шадринского округа.

C 1925 года служил в церкви села Юрмытское того же района. В 1927 году эта церковь перешла к обновленцам и в ней стал служить обновленческий священник Яворский. Отец Владимир, отрицательно относившийся к «живоцерковникам», часто говорил своим чадам: «Власть понуждает нас к обновленчеству, но пусть меня на куски растерзают, не пойду в раскол!» Ему пришлось вернуться в село Тупицынское, где прихожане были готовы защищать «тихоновскую» церковь и батюшку от обновленцев.

В конце октября 1929 года в местное отделение ГПУ поступило заявление с просьбой «принять срочные меры к священнику Холодковскому, так как он в проповедях агитирует против Советской власти и из-за этого в селе невозможно вести работу с крестьянами». 1 ноября 1929 года отец Владимир был арестован по обвинению в антисоветской агитации и отправлен в Шадринский исправдом. Свою вину отец Владимир не признал: «Виновным по сему делу [себя] не признаю, так как я всецело был далек от светской жизни и совершенно никакой агитацией не занимался. Я, как священник, проповедовал Слов[о] Божи[е] [и] против советской власти никогда не выступал. Я ни в каких партиях не состоял и политикой совершенно не интересуюсь, а посему я вины за собой не чувствую». 26 декабря Особое совещание при Коллегии ОГПУ приговорило священника к пяти годам концлагерей. Известно, что лагерный срок он отбыл полностью и в 1935 году, вернулся на место своего служения в село Тупицынское.

Отец Владимир вновь стал служить в Николаевской церкви. Когда в 1936 году власти попытались закрыть храм, будущий священномученик созвал собрание верующих и по окрестным деревням стали собирать подписи в защиту церкви. «Батюшка призывал к терпению, говорил, что «безбожная власть не навечно, нужно терпение, и наступит время, когда снова будет царство религии», — вспоминали некоторые люди. На таком материале стало собираться новое дело на священника Холодоковского.

В деле 1937 года есть показания, в которых свидетельствуется, что после лагеря о. Владимир говорил своим прихожанкам: «Вы, старушки, ходите в Церковь. Церковь забывать не надо, не надо забывать и Бога. Божие Слово не умрет. Вот меня сколько ни мучили, сколько ни терзали, но я с Божией помощью вернулся невредимым. Ведь как Богу будет угодно, так Он и сделает, Он всемогущ».

В начале июля 1937 года священник был вновь арестован как «активный участник контрреволюционной монархической группы, возглавляемой благочинным Якутовичем», обвинялся также в «систематической к/р пораженческой агитации, клевете в адрес политики партии и соввласти». Всего по делу «контрреволюционной организации» было арестовано и привлечено к ответственности 29 человек. Все проходившие по делу священники были сторонниками патриаршей церкви.

В одном из доносов, на материале которого основывалось следствие, говорилось: «Поп Холодковский систематически ведет антисоветскую деятельность, умышленно срывает проведение массовых выступлений среди школьников, разваливает колхозную дисциплину». При оглашении обвинения было прибавлено: «Во время тайных исповедей священник Холодковский запрещал верующим вступать в колхозы».

Из показаний отца Владимира Холодковского на допросе: «Ни в какой монархической организации я не состоял и не состою. В силу религиозных убеждений я не согласен с безбожием и остаюсь непримиримым с ним, ведя активную борьбу с безбожием путем богослужения, исполнения таинств и обрядов для верующих. Глубоко убежденный, что существует Господь, как Творец всего видимого и невидимого, это же самое внушал и верующим».

К допрашиваемым применялись пытки, после которых почти все арестованные по этому делу подписали протоколы допросов, в том числе с признанием вины, а также заявления о намерении чистосердечно признаться, и тому подобное. Отец Владимир держался стойко, с достоинством, никого не оговорил и виновным себя не признал.

11 августа 1937 года состоялось заседание тройки УНКВД, на котором постановили: Холодковского Владимира Павловича расстрелять.

Расстрелян 13 августа 1937 года в 17 часов.